この問題は2025J v1.1（4.8.20251.721）で修正されました。
※修正版を適用しない場合の回避方法は以下の通りです。
 

既定の副グリッド線をキャンセルし、Renderedイベントで独自に縦線を描画する方法が考えられます。

◎サンプルコード（VB）

    Private Sub Form1_Load(sender As Object, e As EventArgs) Handles MyBase.Load
        ' Rendered イベントで副グリッドを独自に描画
        FlexChart1.AxisX.Min = 0
        FlexChart1.AxisX.Max = 1
        FlexChart1.AxisX.MajorUnit = 0.1
        FlexChart1.AxisX.MinorUnit = 0.05

        FlexChart1.AxisX.MajorGrid = True
        FlexChart1.AxisX.MinorGrid = False ' 既定の副グリッド線をキャンセル
        FlexChart1.AxisX.MajorGridStyle.Stroke = Brushes.Black

        AddHandler FlexChart1.Rendered, AddressOf FlexChart1_Rendered
    End Sub

    Private Sub FlexChart1_Rendered(sender As Object, e As C1.Win.Chart.RenderEventArgs)
        Dim chart = FlexChart1
        Dim g = e.Graphics

        Dim min = chart.AxisX.ActualMin
        Dim max = chart.AxisX.ActualMax
        Dim minorUnit = chart.AxisX.MinorUnit
        Dim majorUnit = chart.AxisX.MajorUnit

        ' 主目盛の位置を収集しておく（重複描画を防ぐため）
        Dim majorTicks As New HashSet(Of Double)
        For v = chart.AxisX.Min To chart.AxisX.Max + 0.00001 Step majorUnit
            majorTicks.Add(Math.Round(v, 10))
        Next

        ' 副グリッド線を描画（半透明の黒）
        Using pen As New Pen(Color.FromArgb(64, Color.Black), 1.0F)
            For x = min To max + 0.00001 Step minorUnit
                Dim roundedX = Math.Round(x, 10)
                If majorTicks.Contains(roundedX) Then
                    Continue For ' 主グリッドと同じ位置なら描画しない
                End If

                Dim xCoord As Single = chart.AxisX.Convert(x)
                g.DrawLine(pen, xCoord, chart.PlotRect.Top, xCoord, chart.PlotRect.Bottom)
            Next
        End Using
    End Sub

◎サンプルコード（C#）

        private void Form1_Load(object sender, EventArgs e)
        {
            // Rendered イベントで副グリッドを独自に描画
            flexChart1.AxisX.Min = 0;
            flexChart1.AxisX.Max = 1;
            flexChart1.AxisX.MajorUnit = 0.1;
            flexChart1.AxisX.MinorUnit = 0.05;

            flexChart1.AxisX.MajorGrid = true;
            flexChart1.AxisX.MinorGrid = false; // 既定の副グリッド線をキャンセル
            flexChart1.AxisX.MajorGridStyle.Stroke = Brushes.Black;

            flexChart1.Rendered += flexChart1_Rendered;
        }

        private void flexChart1_Rendered(object? sender, C1.Win.Chart.RenderEventArgs e)
        {
            var chart = flexChart1;
            var g = e.Graphics;

            double min = chart.AxisX.ActualMin;
            double max = chart.AxisX.ActualMax;
            double minorUnit = chart.AxisX.MinorUnit;
            double majorUnit = chart.AxisX.MajorUnit;

            // 主目盛の位置を収集しておく（重複描画を防ぐため）
            var majorTicks = new HashSet<double>();
            for (double v = chart.AxisX.Min; v <= chart.AxisX.Max + 0.00001; v += majorUnit)
                majorTicks.Add(Math.Round(v, 10));

            // 副グリッド線を描画（半透明の黒）
            using (var pen = new Pen(Color.FromArgb(64, Color.Black), 1f))
            {
                for (double x = min; x <= max + 0.00001; x += minorUnit)
                {
                    double roundedX = Math.Round(x, 10);
                    if (majorTicks.Contains(roundedX))
                        continue; // 主グリッドと同じ位置なら描画しない

                    float xCoord = (float)chart.AxisX.Convert(x);
                    g.DrawLine(pen, xCoord, chart.PlotRect.Top, xCoord, chart.PlotRect.Bottom);
                }
            }
        }