Y軸に表示されるラベルの数値を、値に応じて小数点なし／小数点付きの書式で表示するため、AxisYのFormatプロパティを使用することができます。

例えば、Y軸の値のうち「0」は小数点なしで、それ以外の値は小数２桁で表示するには、最初に標準のICustomFormatterインターフェースを継承したカスタム書式クラスを作成し、値が0であるかどうかに応じて、書式文字列を "F0" または "F2" のいずれかに設定します。
次いで、AxisY.Formatterにこのクラスのインスタンスを設定します。

以下に簡単な設定例を記載します。

◎サンプルコード（VB）

Imports C1.Win.Chart
Imports C1.Chart
Public Class Form1
    Private Sub Form1_Load(sender As Object, e As EventArgs) Handles MyBase.Load
        ' 棒グラフの作成
        Dim series1 As New Series() With {
            .ChartType = ChartType.Column,
            .Name = "series1",
            .DataSource = New PointF() {
                New PointF(1, 20),
                New PointF(2, 50),
                New PointF(3, 30),
                New PointF(4, 70)
            },
            .Binding = "Y",
            .BindingX = "X"
        }

        ' チャートの設定
        FlexChart1.Series.Clear()
        FlexChart1.Series.Add(series1)
        FlexChart1.Legend.Position = Position.Bottom

        ' 軸の設定
        FlexChart1.AxisY.Min = 0
        FlexChart1.AxisY.Max = 100
        FlexChart1.AxisY.MajorUnit = 20
        FlexChart1.AxisY.AxisLine = True
        FlexChart1.AxisY.Formatter = New CustomAxisLabelFormatter()
    End Sub

    ' カスタム書式の作成
    Private Class CustomAxisLabelFormatter
        Implements ICustomFormatter

        Public Function Format(fmt As String, arg As Object, formatProvider As IFormatProvider) As String Implements ICustomFormatter.Format
            Dim value As Double = Convert.ToDouble(arg)

            If value <> 0 Then
                Return value.ToString("F2")
            Else
                Return value.ToString("F0")
            End If
        End Function
    End Class
End Class

◎サンプルコード（C#）

using C1.Win.Chart;

namespace prj_C1FlexChart
{
    public partial class Form1 : Form
    {
        public Form1()
        {
            InitializeComponent();
        }

        private void Form1_Load(object sender, EventArgs e)
        {
            // 棒グラフの作成
            Series series1 = new Series()
            {
                ChartType = C1.Chart.ChartType.Column,
                Name = "series1",
                DataSource = new PointF[] { new PointF(1, 20), new PointF(2, 50), new PointF(3, 30), new PointF(4, 70) },
                Binding = "Y",
                BindingX = "X"
            };

            // チャートの設定
            flexChart1.Series.Clear();
            flexChart1.Series.Add(series1);
            flexChart1.Legend.Position = C1.Chart.Position.Bottom;

            // 軸の設定
            flexChart1.AxisY.Min = 0;
            flexChart1.AxisY.Max = 100;
            flexChart1.AxisY.MajorUnit = 20;
            flexChart1.AxisY.AxisLine = true;
            flexChart1.AxisY.Formatter = new CustomAxisLabelFormatter();
        }

        // カスタム書式の作成
         private class CustomAxisLabelFormatter : ICustomFormatter
        {
            public string Format(string format, object arg, IFormatProvider formatProvider)
            {
                var formattedString = $"{arg:0.0E+00}";

                if ((double)arg != 0)
                {
                    formattedString = $"{arg:F2}";
                }
                else
                {
                    formattedString = $"{arg:F0}";
                }
                return formattedString;
            }
        }
    }
}