「white-space: pre;」のCSSが含まれている場合、フィルタダイアログのデザインのズレが生じます。
※このCSSはtrimTextプロパティのサンプルコードに記載されているものです。

この問題はバージョン5.20252.44で修正されました。

修正版を適用しない場合の回避方法は次の通りです。
 

以下のコードを追加します。

// チェックリストアイテムに追加されたテキストノードを削除します。
filter.filterChanging.addHandler(() => {
    const valuesContainer = filter.activeEditor.hostElement.querySelector("[wj-part=div-values]");
    if (!valuesContainer || valuesContainer.children.length === 0) return;
    traverseReplaceTextNodes(valuesContainer);
});
function traverseReplaceTextNodes(node) {
    if (node && node.className !== "wj-checklist-caption") { // exclude caption nodes
        if (node.nodeType === 3/* text node */) {
            node.parentNode.removeChild(node);
        } else {
            const children = node.childNodes;
            for (let i = children.length - 1; i >= 0; i--) {
                const child = children[i];
                traverseReplaceTextNodes(child);
            }
        }
    }
}