Skinファイルを使用して、例えばSpinクラスやDropDownクラスといったサブオブジェクトが参照するプロパティのスタイルを設定する場合、ASPXコードで同じサブオブジェクトのプロパティを設定しているとSkinファイルの設定が無効になります。
これは、InputManコントロールの構造に伴う制限事項となります。

以下は、数値コントロールのスピンボタンに対し、SkinファイルとASPXコードにより異なるプロパティの設定を行っていますが、実行時にはSkinファイルの設定は適用されません。

[Skinファイル]

<im_number:GcNumber runat="server">
　　<Spin Visible="True" />
</im_number:GcNumber>

[ASPXコード]

<im_number:GcNumber ID="GcNumber1" runat="server" HasLoadFromXml="True">
　　;<Spin SpinOnKeys="False" />
</im_number:GcNumber>

この現象を回避するには、サブオブジェクトの設定はSkinファイルまたはASPXファイルのどちらか一方で行うか、Skinファイルを使用し、特定のコントロールにのみ別設定を適用する場合には、サーバー側コードでプロパティを設定してください。