Exportメソッドを使用した出力時に任意のファイル名を指定する機能は用意されておりません。
下記のようにC1Report.RenderToStreamメソッドを使用することで、ファイル名を指定できます。

Dim ms As System.IO.MemoryStream = New System.IO.MemoryStream()
Report1.RenderToStream(ms, C1.C1Report.FileFormatEnum.Excel)

Response.ContentType = "application/xls"
Response.AddHeader("Cache-Control", "Public")
Response.AddHeader("Pragma", "Public")
Response.AddHeader("Content-Disposition", "attachment; filename=MyRep.xls")
Response.BinaryWrite(ms.ToArray())
Response.End()