ChartGroup.Use3DプロパティがTrueの場合、AxisY.AutoOriginプロパティをFalseに設定し、AxisY.Originプロパティを設定しても、設定した値によりY軸の原点が変更されません。

この動作は制限です。
製品には、3D表示の場合にY軸の原点を変更する機能が備えられていません。