これはPDFの仕様に基づく動作となります。

◎Adobe社サポート情報
http://kb2.adobe.com/jp/cps/225/225164.html

半角円マーク（¥）はPDFファイル上で文字コード「0x003e」によってコード化されます。これをAcrobat製品で表示すると、この文字コードはU+005CのUnicode文字に変換されます。もしPDFファイルにフォントが埋め込まれていない場合、U+005Cのコードに該当するUnicode文字がそのまま表示され、結果として半角バックスラッシュで表示されてしまいます。

PDFファイルで半角円記号を表示するには、半角円記号（U+00A5）を出力するか、もしくはフォントを埋め込む必要があります。