ScriptManagerが配置されたページでheadタグに記述したjQueryコードにおいて下記のエラーが発生します。

◆エラーメッセージ（Visual Studioから実行した場合）
「0x800a1391 - JavaScript 実行時エラー: '$' は定義されていません。」

本製品のコントロールは通常時、HTMLヘッダーに動作に必要なスクリプト参照のタグを出力します。
ScriptManagerが配置されたページにおいてはこのタグがbodyのformタグの中に出力されます。

製品のこの動作は、ScriptManagerの動作要件に基づく動作となります。
ScriptManagerを配置したページではスクリプトをform要素の中に含める必要があります。
こちらの情報はMSDNにございます下記ドキュメントの[背景-メモ]に記載があります。

◆ScriptManagerコントロールの概要
https://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/bb398863

そのため、HTMLヘッダーにjQueryを利用したスクリプトを記述した場合、実行することができず前述のエラーが発生します。

◎サンプルコード（aspx）