製品ヘルプの「マクロ有効 Excel ファイルのロードおよび保存」トピックに記載されているように、「*.xlsファイルをロードし、*.xlsm 形式でファイルを保存」を行っても、マクロが保存されません。

これは、大変申し訳ございませんが製品ヘルプの記載ミスになります。

製品ヘルプの「主な特長」トピックでもご説明しているように、C1Excelがサポートするマクロ有効Excelファイルは、「*.xlsm」形式となります。

「*.xls」形式のファイルについては、マクロの読み込みをサポートしておりません。