FlexGridのitemFormatterにてセルの前景色、背景色を指定した場合、セル選択時も同じ色で表示されます。

セル選択時の前景色、背景色をデフォルトの色で表示するには、".wj-state-selected"クラスと".wj-state-multi-selected"クラスの"color"と"background-color"の設定に"!important"を付加し、優先して表示するようにします。
".wj-state-selected"クラスは選択セル、".wj-state-multi-selected"クラスは複数選択セルの設定となります。

サンプル