cellTemplateやitemFormatter、formatItemでセルの書式等を設定し、FlexGridXlsxConverterのsaveメソッドでExcelファイルに出力した場合、設定した内容が出力されません。

この現象は制限事項です。
cellTemplateやitemFormatter、formatItemで設定した内容をExcelファイルにエクスポートすることはできません。