IE側の制限により、IEを使用してFlexChartを画像にエクスポートするには、CanvasRenderEngine.jsファイルを使用する必要があります。
しかし、現時点ではCanvasRenderEngine.jsはグラデーション色をサポートしていないため、IE上でエクスポートした画像では、グラデーション色が黒く塗りつぶされた状態になります。
こちらは製品の制限事項です。

IE以外のブラウザの場合、画像エクスポートにCanvasRenderEngine.jsを使用する必要が無いため、グラデーション色は正常に反映されます。