この問題はバージョン5.20181.436で修正されました。

修正版を適用しない場合の回避方法は次の通りです。

data-mapプロパティを設定せず、表示用のセルテンプレートで次のようにデータマップの値を設定することで、AutoCompleteで編集することが可能になります。

<wj-flex-grid items-source="items">
　<wj-flex-grid-column binding="id" header="Name" >
　　<wj-flex-grid-cell-template cell-type="Cell">
　　　{{dataMap.getDisplayValue($item.id)}}
　　</wj-flex-grid-cell-template>
　　<wj-flex-grid-cell-template cell-type="CellEdit">
　　　<wj-auto-complete items-source="countries" display-member-path="name"
　　　　selected-value-path="id" selected-value="$value">
　　　</wj-auto-complete>
　　</wj-flex-grid-cell-template>
　</wj-flex-grid-column>
</wj-flex-grid>