プロジェクト移行ツールを用いて、サーバー上にある既存サンプルを移行しようとしたとき、「指定されたファイルが見つかりません。」というエラーが発生することがあります。

現時点で、以下のような条件のときに、このエラーが発生することが分かっています。
・サーバー上のサンプルを、ローカルの移行ツールを用いて移行している
・ファイル名に半角カッコが含まれている

サーバー経由でファイル名を参照する際に、ファイル名に含まれる半角カッコ "(" または ”)" がURLエンコードされ、それぞれ%28、%29に変換され、そのために該当するファイルがないと判断されたようです。

このような場合、サンプルをローカルマシンにコピーして、移行を実施してください。