ASP.NET WebサイトのプロジェクトにGrapeCity.ActiveReports.Web.jaパッケージをインストールしたとき、Visual StudioのツールボックスにWebViewerが表示されません。

これはNuGetの制限です。
ASP.NET Webサイトのプロジェクトにパッケージをインストールしたときは、ツールボックスにコントロールが追加されません。