既存のxlsxをLoadメソッドで読み込み、ブックに変更を加えずにそのままSaveメソッドにて別名で保存すると、「Yu Gothic」フォントが「MS Pゴシック」に変わるなど、特定のフォントが別のフォントに置き換わることがあります。

これは、セルのフォントを明示的に指定しなかった場合に適用されるテーマフォントに依存する現象です。
C1Excelではテーマをサポートしておらず、保存時にはOffice2007-2010相当のテーマ設定が固定値として出力されるため、その既定のフォントである「ＭＳ Ｐゴシック」が適用されます。