いいえ、対応していません。

弊社の.NET製品は、ILMergeなどの外部ツール上での利用を動作保証しておりません。
また、現状のILMergeはライセンス付きコンポーネントのマージに対応していないため、マージ後のEXEファイルはライセンスがない状態となり、実行時にライセンス関連のエラーが発生します。