※ 本エラーは、弊社製品とは無関係に発生するものです。

「MSB3323：証明書ストアでマニフェスト署名用の証明書が見つかりません（Unable to find manifest signing certificate in the certificate store.）」というエラーは、ビルド対象のアプリケーションに対して設定されている、デジタル署名の証明書が見つからないために発生するエラーです。
たとえば、デジタル署名が設定されている既存のClickOnceアプリケーションプロジェクトを、別のPCでビルドしようとしたとき、そのPCの証明書ストア内に以前と同じデジタル署名の証明書が見つからない場合、本エラーが発生します。

本ビルドエラーを回避するには、以下のようないくつかの方法が考えられます。

1. 以前のPCで使用していたデジタル署名の証明書を、ビルドを実行するPCへインポートする。
2. 別のデジタル署名の証明書を使用し、あらためて署名の設定を行う。
3. プロジェクトのプロパティ設定で「署名」ページの「ClickOnce マニフェストに署名する」のチェックをオフにし、署名自体を行わない。

なお、方法2.および3.の場合、ビルドエラーは解消されますが、署名に使用する証明書が変更されたことや署名自体が行われていないことにより、クライアントがClickOnceアプリケーションを実行したときに警告メッセージが表示されるようになります。あらかじめご注意ください。

アプリケーションへの署名方法や証明書の使用方法については、MSDNライブラリなどの各種資料をご参照ください。

ClickOnce マニフェストの署名

http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/zfz60ccf(v=vs.80).aspx

ClickOnce! オンライン・デモ - 警告メッセージを表示せずに直接実行するには？

http://www.atmarkit.co.jp/fdotnet/vblab/demo1/demo.html#nomessage

証明書をインポートおよびエクスポートする

http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc738545(WS.10).aspx