Secure FTPをWebアプリケーションで使用する場合、FTPサーバーとWebサーバー間のファイル転送を行うことになります。
Secure FTPでは、Webサーバーとクライアント間のFTP転送の機能を提供しておりません。

クライアントからWebサーバーにファイルをアップロードする場合は、.NET FrameworkのFileUploadコントロールを使用するなどの方法をご検討下さい。
なお製品に同梱されているASP.NET Webアプリケーションのサンプルでは、FileUploadコントロールと併用して、WebアプリケーションでFTPサーバーにファイル転送する方法を紹介しています。