ShortcutKeysプロパティにショートカットキーを登録すると、アプリケーション全体で使用されるショートカットキーを設定することができます。しかし、アプリケーション全体で有効になるため、ShortcutKeyDownイベントがフォームのアクティブ・非アクティブに関わらず発生します。
アクティブなフォームでのみショートカットキーを有効にするには、ShortcutKeyDownイベントの中でフォームの状態を判断し、アクティブな状態のときのみ処理を実行します。

[Visual Basic]

Private Sub Form1_Load( ByVal sender As System.Object,　ByVal e As System.EventArgs) Handles MyBase.Load 
　　' ショートカットキーを設定します。 
　　GcShortcut1.ShortcutKeys.Add( Keys.E Or Keys.Control ) 
End Sub 

Private Sub GcShortcut1_ShortcutKeyDown( ByVal sender As System.Object,　ByVal e As System.Windows.Forms.KeyEventArgs) Handles GcShortcut1.ShortcutKeyDown 
　　' フォームがアクティブな状態のときだけメッセージボックスを表示します。 
　　If Me Is Form.ActiveForm 
　　　　' メッセージボックスを表示します。 
　　　　MessageBox.Show( "Ctrl + E" ) 
　　　　' イベント処理を終了します。 
　　　　e.Handled = True 
　　End If 
End Sub

[C#]

private void Form1_Load( object sender, EventArgs e ) 
{
　　// ショートカットキーを設定します。 
　　gcShortcut1.ShortcutKeys.Add( Keys.E | Keys.Control ); 
}

private void gcShortcut1_ShortcutKeyDown( object sender, KeyEventArgs e ) 
{ 
　　// フォームがアクティブな状態のときだけメッセージボックスを表示します。 
　　if( this == Form.ActiveForm ) 
　　{ 
　　　　// メッセージボックスを表示します。 
　　　　MessageBox.Show( "Ctrl + E" ); 
　　　　// イベント処理を終了します。 
　　　　e.Handled = true; 
　　} 
}