できます。
InputManの各コントロールのEnablejQueryThemeプロパティをTrueにすると、ページに設定されているjQuery UIテーマが適用されます。定義済みテーマのほか、jQuery UI ThemeRollerでカスタマイズしたテーマにも対応しています。

デモアプリケーションの「jQuery UIテーマの適用」で実際の動作をご確認いただけます。

また、設定方法の詳細については製品ヘルプの下記の項目を参照してください。

[PowerTools InputMan for ASP.NET 10.0J]
　- [InputMan for ASP.NETの使い方]
　　- [jQueryの使用]
　　　- [jQuery UIテーマの適用]