コードの実装を次のように変更することで現象を回避できます。

・サイズ変更の直前と直後にOnResizeBegin／OnResizeEndメソッドを呼び出す
・サイズの設定はHeightとWidthプロパティの使い分けではなくSize構造体を使用して1ステップ内で実装する

［コード例］
Private Sub Form1_MouseWheel(sender As Object, e As MouseEventArgs) Handles Me.MouseWheel
　　With Me
　　　　'Ctrl＋マウスホイールで拡大縮小
　　　　If Control.ModifierKeys = Keys.Control Then
　　　　　　If e.Delta > 0 Then
　　　　　　　　' ResizeBeginイベントを発生させる
　　　　　　　　.OnResizeBegin(EventArgs.Empty)
　　　　　　　　' Sizeを使って実装（WidthとHeightを別々に設定しない）
　　　　　　　　.Size = New Size(.Height * 1.1, .Width * 1.1)
　　　　　　　　' ResizeEndイベントを発生させる
　　　　　　　　.OnResizeEnd(EventArgs.Empty)
　　　　　　ElseIf e.Delta < 0 Then
　　　　　　　　.OnResizeBegin(EventArgs.Empty)
　　　　　　　　.Size = New Size(.Height * 0.9, .Width * 0.9)
　　　　　　　　.OnResizeEnd(EventArgs.Empty)
　　　　　　End If
　　　　End If
　　End With
End Sub