CellFactoryを使用すると、XAMLコード上でフィルタ（C1FlexGridFilter）を設定しても、フィルタ機能が有効になりません。

この現象は制限事項です。
CellFactoryを使用した場合は、コードビハインドでCellFactoryプロパティを設定した後でC1FlexGridFilterコントロールを作成する必要があります。