共通のスタイルが設定された複数のセルのうち、ひとつのセルに対して背景色を変更するとその他の全てのセルも背景色が変更します。
これは共通のスタイルを参照しているためです。
指定したセルのみの背景色を変更する場合は、設定されているスタイルから作成したクローンスタイルに対して背景色を設定されます。
下記のコードでクローンスタイルを作成することができます。

■VB
　Dim s As C1.C1Excel.XLStyle
　'設定されているスタイルのクローンを作成します
　s = m_book.Sheets(0)(row, col).Style.Clone()
　'スタイルに対して色を設定します
　s.BackColor = color
　'スタイルをセルに設定します
　m_book.Sheets(0)(row, col).Style = s

■C#
　XLStyle s;
　// スタイルが設定されている場合はクローンを作成します
　s = m_book.Sheets[0][row, col].Style.Clone();
　// スタイルに対して色を設定します
　s.BackColor = color;
　// スタイルをセルに設定します
　m_book.Sheets[0][row, col].Style = s;