FlexChartのItemFormatterプロパティを使用して、データポイントの外観をカスタマイズ可能です。
下記のオンラインデモにて、データポイントの値に基づいてfillプロパティの値を設定し、色を変更する動作を確認できます。

FlexChart - 項目のカスタマイズ