系列のStyleプロパティを使用して、各要素に割り当てられている色をオーバーライドすることができます。
製品およびトライアル版に収録の下記サンプルにてこちらの機能を紹介しております。

C:¥Users¥[user name]¥Documents¥ComponentOne Samples¥ASP.NET MVC¥MVC¥HowTo¥FlexChart¥FlexChart101
※「系列のスタイルを設定する」の項目をご参照ください