複数行を結合し、結合したセルを選択した場合、垂直スクロールし、選択セルの一部が非表示になると、選択セルの色が解除されてしまいます。

この現象は制限事項です。
FlexGridでは、パフォーマンス向上のために表示範囲内のDOM要素のみを作成しています。