階層構造データをFlexGridに設定し、フィルタリングを有効にした場合、最上位階層以外の項目がフィルタ候補に表示されません。

この現象は制限事項です。
階層構造データでは、最上位階層の項目のみがフィルタの対象となり、最上位階層以外の項目をフィルタ候補に追加することはできません。

※階層構造データのフィルタリングを行いたい場合、下記デモの方法をご検討ください。