InputDateでは、年の入力を2桁に設定した場合、29未満の数字は2000年代、29以上の数字は1900年代と認識される仕様となっており、これは、wijmo.culture.Globalize.calendarのtwoDigitYearMaxプロパティのデフォルト値が「2029」に設定されているためです。
下記のようなコードでこの値を「2100」に変更すると、年の2桁入力時にすべての値を2000年代として認識させることができます。

<script type="text/javascript">
　　wijmo.culture.Globalize.calendar.twoDigitYearMax = 2100;
</script>