FlexGridの行に対し、visibleプロパティやisReadOnlyプロパティなどを設定した後、セルへのペーストや列のソートなどを行うと、行の設定が初期化されます。

この現象は制限事項です。
データソースが更新され、グリッドが再読み込みすると、行の設定は全て初期化されます。そのため、FlexGridの行の設定は、loadedRowsイベントでも行う必要があります。