この問題はバージョン5.20191.603で修正されました。

修正版を適用しない場合の回避方法は次の通りです。

以下のいずれかの方法で回避できます。

回避方法１：fadeOutをfalseに設定する
fadeOutをfalseに設定して、Popupを閉じる際のアニメーションを無効にします。

　var popup = new wijmo.input.Popup('#popup', {
　　fadeOut: false,
　});

回避方法２：setTimeoutを使用する
2度目のPopupをsetTimeoutで500msほどタイミングを置いて表示します。
   
　setTimeout(function(){
　　popup.show(true);
　}, 500);