V2J SP2（バージョン2.2.1）より追加されたPrintManager機能を使用し、複数のワークブックを結合して１つのPDFファイルにエクスポートすることが可能です。
実装方法などの詳細は下記のデモをご参照ください。

複数のワークブックを単一のPDFに保存