PdfFilterによるフォント埋め込みを無効にする場合、EmbedFontsとPdfACompatibleプロパティにFalseを設定します。
【製品ヘルプ】PdfFilter クラス メンバ

PdfACompatibleがTrueの場合、PDF/A規格に準拠したPDFが出力されます。
PDF/A規格ではフォント埋め込みが必須になっているため、EmbedFontsがFalseであってもフォントが埋め込まれます。