PDFファイル内のハイパーリンクはPage.AnnotationsからLinkAnnotationとして取得できます。

LinkAnnotationはActionプロパティの型でリンク先を判別できます。
URIへのリンクはActionURI型になっています。

ハイパーリンクのURIを一括で更新する場合、以下のように記述します。

◆サンプルコード（C#）

using (var fs = new FileStream("FileName.pdf", FileMode.Open, FileAccess.Read))
{
    var doc = new GcPdfDocument();
    doc.Load(fs);

    doc.Pages.SelectMany(page => page.Annotations) 
        .OfType<LinkAnnotation>()
        .Select(link => link.Action)
        .OfType<ActionURI>()
        .ToList()
        .ForEach(action => action.URI = action.URI.Replace(oldUri, newUri));

    doc.Save("ReplaceURI.pdf");
}

◆サンプルコード（VB.NET）

Using fs As New FileStream("FileName.pdf", FileMode.Open, FileAccess.Read)

    Dim doc As New GcPdfDocument()
    doc.Load(fs)

    doc.Pages.SelectMany(Function(page) page.Annotations).
        OfType(Of LinkAnnotation).
        Select(Function(link) link.Action).
        OfType(Of ActionURI).
        ToList().
        ForEach(Sub(action) action.URI = action.URI.Replace(oldUri, newUri))

    doc.Save("ReplaceURI.pdf")

End Using

ハイパーリンクを新規に追加する方法については、製品ヘルプをご参照ください。