Popupごとに背景色を設定するには、HTMLにて個々のbackground-colorプロパティを設定する、またはPopupのshownイベントを使用し、Popup要素のbackgroundColorプロパティを設定します。

◆サンプルコード（HTMLで設定する方法）
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<div id="popup" style="background-color: lightpink">
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◆サンプルコード（イベントで設定する方法）
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popup.shown.addHandler(function (s, e) {
　　s.hostElement.style.backgroundColor = "lightgreen";
});
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サンプル