FlexGridにて、複数列ソート（allowSortingプロパティにMultiColumnを設定）でソートインデックスを表示しないようにするには、下記のスタイル（CSS）を適用します。

◆サンプルコード
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.wj-flexgrid .wj-colheaders .wj-header .wj-sort-index {
　　display: none !important;
}
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サンプル