FlexGridには、自身のマウスホイールの操作を親のマウスホイールイベントとして処理させる機能は備わっていません。

代替策として、C1FlexGridのBeforeScrollやMouseWheelイベントを使用して、独自の実装を行う方法が考えられます。以下に、サンプルコードを記載します。
※この手法ではコントロールのEnabledプロパティを切り替えているため、フォーカスが自動的に移動する現象が発生しますが、本動作を変更することはできませんので、あらかじめご了承ください

◎サンプルコード（VB）

Imports C1.Win.C1FlexGrid

Public Class Form1
　　Private Sub C1FlexGrid1_MouseWheel(sender As Object, e As MouseEventArgs) Handles C1FlexGrid1.MouseWheel
　　　　' CtrlキーやShiftキーが押下されていない場合
　　　　If Control.ModifierKeys = Keys.None Then
　　　　　　' FlexGridを不活性化
　　　　　　C1FlexGrid1.Enabled = False
　　　　End If
　　End Sub

　　Private Sub C1FlexGrid1_BeforeScroll(sender As Object, e As RangeEventArgs) Handles C1FlexGrid1.BeforeScroll
　　　　' マウスボタンが押下されていない場合
　　　　If Control.MouseButtons = MouseButtons.None Then
　　　　　　' スクロール操作をキャンセル
　　　　　　e.Cancel = True
　　　　End If
　　End Sub

　　Private Sub Panel1_Click(sender As Object, e As EventArgs) Handles Panel1.Click
　　　　' FlexGrid上でクリックされた場合
　　　　Dim rect As New Rectangle(C1FlexGrid1.Location, C1FlexGrid1.Size)
　　　　If rect.Contains(Panel1.PointToClient(Control.MousePosition)) Then
　　　　　　'　FlexGridを活性化してフォーカスを設定
　　　　　　C1FlexGrid1.Enabled = True
　　　　　　C1FlexGrid1.Select()

　　　　　　' クリックされた位置のセルをアクティブセルに設定
　　　　　　Dim htInfo = C1FlexGrid1.HitTest()
　　　　　　If htInfo.Type = C1.Win.C1FlexGrid.HitTestTypeEnum.Cell Then
　　　　　　　　C1FlexGrid1.Col = htInfo.Column
　　　　　　　　C1FlexGrid1.Row = htInfo.Row
　　　　　　End If
　　　　End If
　　End Sub
End Class

◎サンプルコード（C#）

using System.Windows.Forms;
using C1.Win.C1FlexGrid;

namespace prj_C1FlexGrid_Scroll
{
　　public partial class Form1 : Form
　　{
　　　　public Form1()
　　　　{
　　　　　　InitializeComponent();

　　　　　　panel1.AutoScroll = true;
　　　　　　c1FlexGrid1.BeforeScroll += C1FlexGrid1_BeforeScroll;
　　　　　　c1FlexGrid1.MouseWheel += C1FlexGrid1_MouseWheel;
　　　　}

　　　　private void C1FlexGrid1_BeforeScroll(object sender, RangeEventArgs e) 
　　　　{
　　　　　　// マウスボタンが押下されていない場合
　　　　　　if ((Control.MouseButtons == MouseButtons.None))
　　　　　　{
　　　　　　　　e.Cancel = true;　// スクロール操作をキャンセル
　　　　　　}
　　　　}
　　　　private void C1FlexGrid1_MouseWheel(object sender, MouseEventArgs e)
　　　　{
　　　　　　//　CtrlキーやShiftキーが押下されていない場合
　　　　　　if ((Control.ModifierKeys == Keys.None))
　　　　　　{
　　　　　　　　c1FlexGrid1.Enabled = false;　// FlexGridを不活性化
　　　　　　}
　　　　}

　　　　private void c1FlexGrid1_AfterScroll(object sender, RangeEventArgs e)
　　　　{
　　　　　　// マウスボタンが押下されていない場合
　　　　　　if ((Control.MouseButtons == MouseButtons.None))
　　　　　　{
　　　　　　　　Console.WriteLine("if内 : MouseButtons = " + Control.MouseButtons.ToString());
　　　　　　　　e.Cancel = true;
　　　　　　}
　　　　}

　　　　private void panel1_Click(object sender, EventArgs e)
　　　　{
　　　　　　// FlexGrid上でクリックされた場合
　　　　　　Rectangle rect = new Rectangle(c1FlexGrid1.Location, c1FlexGrid1.Size);
　　　　　　if (rect.Contains(panel1.PointToClient(Control.MousePosition)))
　　　　　　{
　　　　　　　　// FlexGridを活性化してフォーカスを設定
　　　　　　　　c1FlexGrid1.Enabled = true;
　　　　　　　　c1FlexGrid1.Select();

　　　　　　　　// クリックされた位置のセルをアクティブセルに設定
　　　　　　　　HitTestInfo htInfo = c1FlexGrid1.HitTest();
　　　　　　　　if ((htInfo.Type == C1.Win.C1FlexGrid.HitTestTypeEnum.Cell))
　　　　　　　　{
　　　　　　　　　　c1FlexGrid1.Col = htInfo.Column;
　　　　　　　　　　c1FlexGrid1.Row = htInfo.Row;
　　　　　　　　}
　　　　　　}
　　　　}
　　}
}