C1FlexChartのAxisクラスはFrameworkElementではないため、DataContextを継承せず、直接Bindingを設定しても正しく動作しません。
例えば、AxisYのMin、Maxプロパティに値を直接設定する代わりに、ViewModelの設定値にバインドしても期待したスケールにはなりません。

軸のプロパティのバインディングを機能させるには、バインディングのソースを明示的に提供する必要があります。これは、次のようにFreezableオブジェクトを継承したカスタムのBindingProxyクラスを使用して実装します。

【サンプル】
（XAML）

　　　　　　<c1:C1FlexChart.AxisY>
　　　　　　　　<c1:Axis Title="温度 (C)" 
　　　　　　　　　　　　 Min="{Binding Path=Data.Min, Source={StaticResource Proxy}}" 
　　　　　　　　　　　　 Max="{Binding Path=Data.Max, Source={StaticResource Proxy}}" 
　　　　　　　　　　　　 MajorGrid="True" AxisLine="False" Position="Left" MajorTickMarks="None"></c1:Axis>
　　　　　　</c1:C1FlexChart.AxisY>

（コード）

　　public class BindingProxy : Freezable
　　{
　　　　protected override Freezable CreateInstanceCore()
　　　　{
　　　　　　return new BindingProxy();
　　　　}

　　　　public object Data
　　　　{
　　　　　　get { return (object)GetValue(DataProperty); }
　　　　　　set { SetValue(DataProperty, value); }
　　　　}

　　　　public static readonly DependencyProperty DataProperty =
　　　　　　DependencyProperty.Register("Data", typeof(object), typeof(BindingProxy), new UIPropertyMetadata(null));
　　}

以下に、軸のMin、MaxをViewModelで設定した値（0、100）にバインドするプロジェクトの全体的なコードを記載します。

（MainWindow.xaml）

<Window x:Class="FlexChartMultipleAxis.MainWindow"
　　　　xmlns="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml/presentation"
　　　　xmlns:x="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml"
　　　　xmlns:d="http://schemas.microsoft.com/expression/blend/2008"
　　　　xmlns:mc="http://schemas.openxmlformats.org/markup-compatibility/2006"
　　　　xmlns:local="clr-namespace:FlexChartMultipleAxis" xmlns:c1="http://schemas.componentone.com/winfx/2006/xaml"
　　　　mc:Ignorable="d"
　　　　Title="MainWindow" Height="450" Width="800">
　　<Grid>
　　　　<Grid.Resources>
　　　　　　<local:BindingProxy x:Key="Proxy" Data="{Binding}"></local:BindingProxy>
　　　　</Grid.Resources>
　　　　<c1:C1FlexChart x:Name="flexChart" ItemsSource="{Binding Data}" BindingX="Time"
　　　　　　　　　　 Grid.Row="1">
　　　　　　<c1:Series SeriesName="Tokyo" ChartType="LineSymbols" Binding="Temperature">
　　　　　　　　<c1:Series.Style>
　　　　　　　　　　<c1:ChartStyle Stroke="{Binding Path=Data.SeriesColor, Source={StaticResource Proxy}}"></c1:ChartStyle>
　　　　　　　　</c1:Series.Style>
　　　　　　</c1:Series>
　　　　　　<c1:Series SeriesName="Osaka" ChartType="LineSymbols" Binding="Temperature2">
　　　　　　　　<c1:Series.Style>
　　　　　　　　　　<c1:ChartStyle Stroke="{Binding Path=Data.SeriesColor2, Source={StaticResource Proxy}}"></c1:ChartStyle>
　　　　　　　　</c1:Series.Style>
　　　　　　</c1:Series>
　　　　　　<c1:C1FlexChart.AxisY>
　　　　　　　　<c1:Axis Title="温度 (C)" 
　　　　　　　　　　　　 Min="{Binding Path=Data.Min, Source={StaticResource Proxy}}" 
　　　　　　　　　　　　 Max="{Binding Path=Data.Max, Source={StaticResource Proxy}}" 
　　　　　　　　　　　　 MajorGrid="True" AxisLine="False" Position="Left" MajorTickMarks="None"></c1:Axis>
　　　　　　</c1:C1FlexChart.AxisY>
　　　　</c1:C1FlexChart>
　　</Grid>
</Window>

（MainWindow.xaml.cs）

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Threading.Tasks;
using System.Windows;
using System.Windows.Controls;
using System.Windows.Data;
using System.Windows.Documents;
using System.Windows.Input;
using System.Windows.Media;
using System.Windows.Media.Imaging;
using System.Windows.Navigation;
using System.Windows.Shapes;

namespace FlexChartMultipleAxis
{
　　/// <summary>
　　/// Interaction logic for MainWindow.xaml
　　/// </summary>
　　public partial class MainWindow : Window
　　{
　　　　public MainWindow()
　　　　{
　　　　　　InitializeComponent();
　　　　　　DataContext = new ViewModel();
　　　　}
　　}

　　#region Binding Proxy
　　public class BindingProxy : Freezable
　　{
　　　　protected override Freezable CreateInstanceCore()
　　　　{
　　　　　　return new BindingProxy();
　　　　}

　　　　public object Data
　　　　{
　　　　　　get { return (object)GetValue(DataProperty); }
　　　　　　set { SetValue(DataProperty, value); }
　　　　}

　　　　public static readonly DependencyProperty DataProperty =
　　　　　　DependencyProperty.Register("Data", typeof(object), typeof(BindingProxy), new UIPropertyMetadata(null));
　　}
　　#endregion

　　#region View Model
　　public class ViewModel
　　{
　　　　public double Min { get; set; } = 0;
　　　　public double Max { get; set; } = 100;

　　　　public Brush SeriesColor
　　　　{
　　　　　　get
　　　　　　{
　　　　　　　　return Brushes.Red;
　　　　　　}
　　　　}

　　　　public Brush SeriesColor2
　　　　{
　　　　　　get
　　　　　　{
　　　　　　　　return Brushes.Green;
　　　　　　}
　　　　}

　　　　public List<DataModel> Data
　　　　{
　　　　　　get
　　　　　　{
　　　　　　　　return GetData();
　　　　　　}
　　　　}

　　　　public List<DataModel> GetData()
　　　　{
　　　　　　return new List<DataModel>()
　　　　　　{
　　　　　　　　new DataModel(){ Temperature2 = 10, Temperature = 3, Time = new DateTime(2020, 1, 1) },
　　　　　　　　new DataModel(){ Temperature2 = 15, Temperature = 8, Time = new DateTime(2020, 2, 1) },
　　　　　　　　new DataModel(){ Temperature2 = 5, Temperature = 9, Time = new DateTime(2020, 3, 1) },
　　　　　　　　new DataModel(){ Temperature2 = 45, Temperature = 7, Time = new DateTime(2020, 4, 1) },
　　　　　　　　new DataModel(){ Temperature2 = 16, Temperature = 15, Time = new DateTime(2020, 5, 1) },
　　　　　　　　new DataModel(){ Temperature2 = 48, Temperature = 38, Time = new DateTime(2020, 6, 1) },
　　　　　　};
　　　　}
　　}

　　public class DataModel
　　{
　　　　public double Temperature { get; set; }
　　　　public double Temperature2 { get; set; }
　　　　public DateTime Time { get; set; }
　　}
　　#endregion
}