静止セル（Frozen）を1行おき（Alternate）のスタイルにするには、CellStyleCollectionクラスのFrozenAlternateプロパティで設定できます。
以下のサンプルでは、通常セルの1行おきの背景色と同じ色で静止セルの背景色を設定しています。

◎サンプルコード（VB）

' 静止列／静止行を設定します。
C1FlexGrid1.Cols.Frozen = 1
C1FlexGrid1.Rows.Frozen = 3

' 静止セルの背景色を通常セルと同じにします。
C1FlexGrid1.Styles.Frozen.BackColor = C1FlexGrid1.Styles.Normal.BackColor
' 通常セルのAlternateプロパティを設定します。
C1FlexGrid1.Styles.Alternate.BackColor = Color.SkyBlue

' 静止セルのAlternateプロパティを設定します。
C1FlexGrid1.Styles.FrozenAlternate.BackColor = C1FlexGrid1.Styles.Alternate.BackColor

◎サンプルコード（C#）

// 静止列／静止行を設定します。
c1FlexGrid1.Cols.Frozen = 1;
c1FlexGrid1.Rows.Frozen = 3;

// 静止セルの背景色を通常セルと同じにします。
c1FlexGrid1.Styles.Frozen.BackColor = c1FlexGrid1.Styles.Normal.BackColor;
// 通常セルのAlternateプロパティを設定します。
c1FlexGrid1.Styles.Alternate.BackColor = Color.SkyBlue;

// 静止セルのAlternateプロパティを設定します。
c1FlexGrid1.Styles.FrozenAlternate.BackColor = c1FlexGrid1.Styles.Alternate.BackColor;

※固定セル（Fixed）では同様なプロパティはありませんので製品ヘルプ（固定セルや静止セルも1行おきに外観を変更する）の方法での対応が必要です。