FlexGridのフィルタリングは、フィルター条件に該当しない行のVisibleプロパティをFalseに設定することで実現しています。そのため、フィルタリング前に非表示にしていた行でも、フィルター条件に該当すると表示されることになります。

この動作を避け、フィルタ適用後も非表示状態を維持するには、フィルタ適用前の行の表示／非表示状態を保存し、フィルタ適用後に、元々非表示だった行を強制的に非表示にする方法が考えられます。

◎サンプルコード（VB）

Public Class Form1
　　Dim rowIsVisible() As Boolean

　　Private Sub Form1_Load(sender As Object, e As EventArgs) Handles MyBase.Load
　　　　Dim i As Integer

　　　　' データの設定

　　　　For i = 1 To C1FlexGrid1.Rows.Count - 1
　　　　　　C1FlexGrid1(i, 0) = i　'行番号
　　　　　　C1FlexGrid1(i, 1) = (i Mod 3)
　　　　　　C1FlexGrid1(i, 2) = (i Mod 5)
　　　　Next

　　　　' フィルタの設定
　　　　C1FlexGrid1.AllowFiltering = True
　　　　For i = 1 To C1FlexGrid1.Cols.Count - 1
　　　　　　C1FlexGrid1.Cols(i).AllowFiltering = C1.Win.C1FlexGrid.AllowFiltering.Default
　　　　Next

　　　　' 非表示行の設定
　　　　C1FlexGrid1.Rows(1).Visible = False

　　　　' 行の表示／非表示状態の保存
　　　　rowIsVisible = New Boolean(C1FlexGrid1.Rows.Count) {}
　　　　For i = C1FlexGrid1.Rows.Fixed To C1FlexGrid1.Rows.Count - 1
　　　　　　rowIsVisible(i) = C1FlexGrid1.Rows(i).Visible
　　　　Next
　　End Sub

　　Private Sub C1FlexGrid1_BeforeFilter(sender As Object, e As System.ComponentModel.CancelEventArgs) Handles C1FlexGrid1.BeforeFilter
　　　　If (Not (rowIsVisible) Is Nothing) Then
　　　　　　' 描画の一時停止
　　　　　　C1FlexGrid1.BeginUpdate()
　　　　End If
　　End Sub

　　Private Sub C1FlexGrid1_AfterFilter(sender As Object, e As EventArgs) Handles C1FlexGrid1.AfterFilter
　　　　Dim i
　　　　If rowIsVisible IsNot Nothing Then
　　　　　　' 元の非表示行を、強制的に非表示に設定
　　　　　　For i = C1FlexGrid1.Rows.Fixed To C1FlexGrid1.Rows.Count - 1
　　　　　　　　If rowIsVisible(i) = False Then
　　　　　　　　　　C1FlexGrid1.Rows(i).Visible = False
　　　　　　　　End If
　　　　　　Next
　　　　　　' 描画の再開
　　　　　　C1FlexGrid1.EndUpdate()
　　　　End If
　　End Sub
End Class

◎サンプルコード（C#）

　　public partial class Form1 : Form
　　{
　　　　bool[] rowIsVisible;

　　　　public Form1()
　　　　{
　　　　　　InitializeComponent();
　　　　}

　　　　private void Form1_Load(object sender, EventArgs e)
　　　　{
　　　　　　// データの設定
　　　　　　for (var i = 1; i < c1FlexGrid1.Rows.Count; i++)
　　　　　　{
　　　　　　　　c1FlexGrid1[i, 0] = i; //行番号
　　　　　　　　c1FlexGrid1[i, 1] = i % 3;
　　　　　　　　c1FlexGrid1[i, 2] = i % 5;
　　　　　　}
　　　　　　
　　　　　　// フィルタの設定
　　　　　　c1FlexGrid1.AllowFiltering = true;
　　　　　　for (var i = 1; i < c1FlexGrid1.Cols.Count; i++)
　　　　　　{
　　　　　　　　c1FlexGrid1.Cols[i].AllowFiltering = C1.Win.C1FlexGrid.AllowFiltering.Default;
　　　　　　}

　　　　　　// 非表示行の設定
　　　　　　c1FlexGrid1.Rows[1].Visible = false; 

　　　　　　// 行の表示／非表示状態の保存
　　　　　　rowIsVisible = new bool[c1FlexGrid1.Rows.Count];
　　　　　　for (var i = c1FlexGrid1.Rows.Fixed; i < c1FlexGrid1.Rows.Count; i++)
　　　　　　{
　　　　　　　　rowIsVisible[i] = c1FlexGrid1.Rows[i].Visible;
　　　　　　}
　　　　}
 
　　　　// フィルタ処理のカスタマイズ
　　　　private void c1FlexGrid1_BeforeFilter(object sender, CancelEventArgs e)
　　　　{
　　　　　　if (rowIsVisible != null)
　　　　　　{
　　　　　　　　// 描画の一時停止
　　　　　　　　c1FlexGrid1.BeginUpdate();
　　　　　　}
　　　　}

　　　　private void c1FlexGrid1_AfterFilter(object sender, EventArgs e)
　　　　{
　　　　　　if (rowIsVisible != null)
　　　　　　{
　　　　　　　　// 元の非表示行を、強制的に非表示に設定
　　　　　　　　for (var i = c1FlexGrid1.Rows.Fixed; i < c1FlexGrid1.Rows.Count; i++)
　　　　　　　　{
　　　　　　　　　　if (!rowIsVisible[i])
　　　　　　　　　　{
　　　　　　　　　　　　c1FlexGrid1.Rows[i].Visible = false;
　　　　　　　　　　}
　　　　　　　　}
　　　　　　　　// 描画の再開
　　　　　　　　c1FlexGrid1.EndUpdate();
　　　　　　}
　　　　}
　　}