「ja」フォルダ（V3J SP2以前のバージョンでは「ja」フォルダおよび「ja-JP」フォルダ）に格納される*.resources.dllは、日本語のリソースファイルとなっており、日本語環境への配布が必要となります。
これらの日本語リソースファイルは、「ja」フォルダ配下に配置してください。

なお、「ko-KR」フォルダと「zh-CN」フォルダにも*.resources.dllが格納されますが、これらはそれぞれ「韓国語」「中国語」向けのリソースファイルです。
韓国語環境や中国語環境で利用しない場合には、これらのファイルは配布不要です。