積層グラフ（積み上げグラフ）で、各系列の棒の色を設定するため、Paletteプロパティを使用することができます。
以下に、「Cocoa」パレットを指定する例を記載します。

◎サンプルコード（VB）

Imports C1.Win.Chart
Public Class Form1
    Private Sub Form1_Load(sender As Object, e As EventArgs) Handles MyBase.Load
        ' データ系列の作成と設定
        FlexChart1.Series.Clear()
        Dim s As Series() = New Series(4) {}
        Dim rnd As New Random()
        For i = 0 To s.Length - 1
            s(i) = New Series()
            s(i).Binding = "Y"
            s(i).BindingX = "X"
            s(i).DataSource = New Point() {New Point(1, rnd.Next(1, 10)), New Point(2, rnd.Next(1, 10)), New Point(3, rnd.Next(1, 10))}
            FlexChart1.Series.Add(s(i))
        Next
        ' 積層タイプの設定
        FlexChart1.Stacking = C1.Chart.Stacking.Stacked
        For i = 0 To s.Length - 1
            FlexChart1.Series(i).StackingGroup = 0
        Next
        ' 棒の間隔の調節
        FlexChart1.Options.ClusterSize.SizeType = C1.Chart.ElementSizeType.Percentage
        FlexChart1.Options.ClusterSize.Value = 60
        ' パレットの設定
        FlexChart1.Palette = C1.Chart.Palette.Cocoa
    End Sub
End Class

◎サンプルコード（C#）

using C1.Win.Chart;
namespace FlexChart_Palette
{
    public partial class Form1 : Form
    {
        public Form1()
        {
            InitializeComponent();
        }
        private void Form1_Load(object sender, EventArgs e)
        {
            // データ系列の作成と設定
            flexChart1.Series.Clear();
            Series[] s = new Series[4] ;
            Random rnd = new Random();
            for (int i = 0; i  < s.Length; i++)
            {
                s[i]  = new Series();
                s[i].Binding = "Y";
                s[i].BindingX = "X";
                s[i].DataSource = new Point[] { new Point(1, rnd.Next(1, 10)), new Point(2, rnd.Next(1, 10)), new Point(3, rnd.Next(1, 10)) };
                flexChart1.Series.Add(s[i]);
            }
            // 積層タイプの設定
            flexChart1.Stacking = C1.Chart.Stacking.Stacked;
            for (int i = 0;  i < s.Length; i++)
            {
                flexChart1.Series[i].StackingGroup = 0;
            }
            // 棒の間隔の調節
            flexChart1.Options.ClusterSize.SizeType = C1.Chart.ElementSizeType.Percentage;
            flexChart1.Options.ClusterSize.Value = 60;
            // パレットの設定
            flexChart1.Palette = C1.Chart.Palette.Cocoa;
        }
    }
}

※Excelと同じ配色は用意されていませんのでご了承ください。
※設定可能なパレットの種類については、製品ヘルプの「FlexChart > FlexChart の操作 > 外観 > 色 > パレットの設定」の項をご参照ください。