通常、大きな差はありません。デザイナで作成されたテンプレートはソースコードとして保持されるため、手動でコーディングした場合と同じためです。
もしパフォーマンスの違いが見られる場合、それぞれのソースコードを比較することで原因を特定できます。このとき.NET Frameworkの一般的なパフォーマンス改善手法を適用できます。