IWorksheet.Shapesプロパティを使用して、ワークシート内のすべての図形を取得する ことができます。
目的のワークシート内に図形が一つのみ含まれる場合、下記のようにShapesプロパティの引数にインデックス「0」を指定して該当の図形を取得してください。

var workbook = new Workbook();
workbook.Open("test.xlsx");

IShape shape = workbook.Worksheets["Sheet1"].Shapes[0];
shape.Fill.Color.RGB = System.Drawing.Color.Cyan;
    
workbook.Save("test.pdf");

また、ワークシート内に複数の図形が含まれる場合には、次のようにShapesプロパティの引数に図形の名前（Misrosoft Excel上で図形を選択した際、左上の「名前ボックス」に表示される名称）を指定することにより、目的の図形を特定して編集することができます。

var workbook = new Workbook();
workbook.Open("test.xlsx");
  
IShape shape1 = workbook.Worksheets["Sheet1"].Shapes["正方形/長方形 2"];
shape1.Fill.Color.RGB = System.Drawing.Color.Cyan;
IShape shape2 = workbook.Worksheets["Sheet1"].Shapes["矢印: 上 3"];
shape2.Width = 200;
  
workbook.Save("test.pdf");