設計時にC1ThemeControllerのスマートタグで「テーマの設定」を選択し、アプリケーションテーマを設定した後、実行時にC1ThemeControllerのThemeプロパティを変更しても、FlexChartコントロールでは指定したテーマが適用されません。

例えば、デザイン画面でC1ThemeControllerに以下を設定します。
・「アプリケーションテーマ」＝"Office2016Black"
・それ以外はすべて"(default)"に設定
その後、コードにてc1ThemeController1.Themeプロパティを変更しても、FlexChartコントロールのテーマだけが変更されず、設計時に設定したままの外観になります。

この問題は2023J v1（4.5.20231.596）で修正されました。

※修正版を適用しない場合の回避方法は以下の通りです。

設計時に明示的に「アプリケーションテーマ」を設定せず、コードでテーマを設定してください。

(1) ​設計時にC1ThemeControllerの「アプリケーションテーマ」を "(none)" にします。
(2) コードにて、public Form1に下記コードを設定します。

c1ThemeController1.Theme = "Office2016Black";

なお、いったん設計時に「アプリケーションテーマ」を"(none)"以外に設定して実行し、その後 "(none)" に変更した場合などに、Form1.DesignerのFlexChartのパートに下記のようなコードが追加されることがあります。

this.flexChart1.BackColor = System.Drawing.Color.FromArgb(((int)(((byte)(50)))), ((int)(((byte)(49)))), ((int)(((byte)(48)))));

この場合、public Form1に下記コードを追加してください。

this.flexChart1.BackColor = Color.Empty;