はい、対応しています。

製品ヘルプの下記項目では、ClickOnceで配布するアプリケーションに、ブートストラッパでランタイムファイルを組み込む方法を説明しています。こちらを参照してください。

PlusPak の使い方
　－アプリケーションの配布
　　－ランタイムファイルの配布方法