非連結モードで、オン／オフ／不確定の3つの状態を持つチェックボックスを作成するには、C1FlexGridのGetCellCheckメソッドを使用します。
チェックボックスのクリック時に３つの状態を切り替えるには、ValidateEditイベントにて、GetCellCheckメソッドを用いてチェックボックスの状態を取得し、それに応じてSetCellCheckで状態を再設定します。

以下に、簡単なサンプルを紹介します。
※事前に、grayed.gif（不確定状態の画像）をプロジェクトフォルダに追加してください。
    なお、画像を変更しない場合は下記コードをコメントアウトしてください。

C1FlexGrid1.Glyphs(GlyphEnum.Grayed) = Image.FromFile("../../grayed.gif")

◎サンプルコード（VB）

Imports C1.Win.C1FlexGrid

Public Class Form1
    Private Sub Form1_Load(sender As Object, e As EventArgs) Handles MyBase.Load
        ' 行・列数の設定
        C1FlexGrid1.Rows.Count = 5
        C1FlexGrid1.Cols.Count = 4
        ' タイトル列の幅と文字色を指定
        C1FlexGrid1.Cols(0).Width = 150
        ' ボタンを常時表示
        C1FlexGrid1.ShowButtons = ShowButtonsEnum.Always
        ' タイトルの設定
        C1FlexGrid1(1, 0) = "チェックボックス型(3値)"
        ' 不確定状態の画像変更
        C1FlexGrid1.Glyphs(GlyphEnum.Grayed) = Image.FromFile("../../grayed.gif")
        ' データの設定
        C1FlexGrid1.SetCellCheck(1, 1, CheckEnum.Checked)
        C1FlexGrid1.SetCellCheck(1, 2, CheckEnum.Grayed)
        C1FlexGrid1.SetCellCheck(1, 3, CheckEnum.Unchecked)
    End Sub

    Private Sub C1FlexGrid1_ValidateEdit(sender As Object, e As C1.Win.C1FlexGrid.ValidateEditEventArgs) Handles C1FlexGrid1.ValidateEdit
        If e.Row = 1 Then
            e.Cancel = True

            If C1FlexGrid1.GetCellCheck(e.Row, e.Col) = CheckEnum.Grayed Then
                C1FlexGrid1.SetCellCheck(e.Row, e.Col, CheckEnum.Unchecked)
            ElseIf C1FlexGrid1.GetCellCheck(e.Row, e.Col) = CheckEnum.Unchecked Then
                C1FlexGrid1.SetCellCheck(e.Row, e.Col, CheckEnum.Checked)
            ElseIf C1FlexGrid1.GetCellCheck(e.Row, e.Col) = CheckEnum.Checked Then
                C1FlexGrid1.SetCellCheck(e.Row, e.Col, CheckEnum.Grayed)
            End If
        End If
    End Sub
End Class

◎サンプルコード（C#）

using C1.Win.C1FlexGrid;

namespace prj_C1FlexGrid
{
    public partial class Form1 : Form
    {
        public Form1()
        {
            InitializeComponent();
        }

        private void Form1_Load(object sender, EventArgs e)
        {
            // 行・列数の設定
            c1FlexGrid1.Rows.Count = 5;
            c1FlexGrid1.Cols.Count = 4;
            // タイトル列の幅と文字色を指定
            c1FlexGrid1.Cols[0].Width = 150;
            // ボタンを常時表示
            c1FlexGrid1.ShowButtons = ShowButtonsEnum.Always;
            // タイトルの設定
            c1FlexGrid1[1, 0] = "チェックボックス型(3値)";
            // 不確定状態の画像変更
            c1FlexGrid1.Glyphs[GlyphEnum.Grayed] = Image.FromFile("../../grayed.gif");
            // データの設定
            //for (int i = 1; i < c1FlexGrid1.Cols.Count; i++) { c1FlexGrid1.SetCellCheck(1, i, CheckEnum.Grayed); }
            c1FlexGrid1.SetCellCheck(1, 1, CheckEnum.Checked);
            c1FlexGrid1.SetCellCheck(1, 2, CheckEnum.Grayed);
            c1FlexGrid1.SetCellCheck(1, 3, CheckEnum.Unchecked);
        }

        private void c1FlexGrid1_ValidateEdit(object sender, ValidateEditEventArgs e)
        {
            if (e.Row == 1)
            {
                e.Cancel = true;

                if(c1FlexGrid1.GetCellCheck(e.Row, e.Col) == CheckEnum.Grayed)
                {
                    c1FlexGrid1.SetCellCheck(e.Row, e.Col, CheckEnum.Unchecked);
                }
                else if (c1FlexGrid1.GetCellCheck(e.Row, e.Col) == CheckEnum.Unchecked)
                {
                    c1FlexGrid1.SetCellCheck(e.Row, e.Col, CheckEnum.Checked);
                }
                else if (c1FlexGrid1.GetCellCheck(e.Row, e.Col) == CheckEnum.Checked)
                {
                    c1FlexGrid1.SetCellCheck(e.Row, e.Col, CheckEnum.Grayed);
                }
            }
        }
    }