ProcessTemplateメソッドを実行すると、出力後の帳票における図形の配置順が、元のテンプレートにおける配置順とは異なる順序に変化する場合があります。
具体的には、図形の左上セルが「1行目に近い」「A列に近い」ものから順に配置されていきます。
そのため、元のテンプレートにおける図形の配置順（Zオーダー）が変更され、図形の前面／背面が変化し、図形が隠れてしまうなどの問題が発生します。

この問題はバージョン8.0.3で修正されました。
※修正版を適用しない場合の回避方法は以下の通りです。

ProcessTemprateメソッドの実行前に図形のZオーダー情報を保持しておき、メソッド実行後にその情報にて図形の位置を調整します。

var ZOrderDictionary = SaveZOrderDictionary(workbook); // 図形のZオーダー情報を保持
workbook.ProcessTemplate();
RestoreZOrder(workbook, ZOrderDictionary); // 図形の位置を調整
 
// 図形のZオーダー情報を保持
static Dictionary<string, Dictionary<string, int>> SaveZOrderDictionary(Workbook workbook)
{
    Dictionary<string, Dictionary<string, int>> ZOrderDictionary = new Dictionary<string, Dictionary<string, int>>();
    for (int i = 0; i < workbook.Worksheets.Count; i++)
    {
        var worksheet = workbook.Worksheets[i];
        Dictionary<string, int> shapeZOrderDictionary = new Dictionary<string, int>();
        for (int j = 0; j < worksheet.Shapes.Count; j++)
        {
            var shape = worksheet.Shapes[j];
            shapeZOrderDictionary.Add(shape.Name, shape.ZOrderPosition);
        }
        ZOrderDictionary.Add(worksheet.Name, shapeZOrderDictionary);
    }
    return ZOrderDictionary;
}
 
// 図形の位置を調整
static void RestoreZOrder(Workbook workbook, Dictionary<string, Dictionary<string, int>> ZOrderDictionary)
{
    for (int i = 0; i < workbook.Worksheets.Count; i++)
    {
        var worksheet = workbook.Worksheets[i];
        var worksheetName = worksheet.Name;
        if (ZOrderDictionary.ContainsKey(worksheetName))
        {
            List<List<IShape>> allShapes = new List<List<IShape>>();
            var shapeZOrderDictionary = ZOrderDictionary[worksheetName];
            foreach (var shape in worksheet.Shapes)
            {
                var shapeOriginalName = shape.Name;
                if (shapeOriginalName.Contains("_Report_"))
                {
                    shapeOriginalName = shapeOriginalName.Substring(0, shapeOriginalName.LastIndexOf("_Report_"));
                }
                if (shapeZOrderDictionary.ContainsKey(shapeOriginalName))
                {
                    int zOrderPosition = shapeZOrderDictionary[shapeOriginalName];
                    while (allShapes.Count <= zOrderPosition)
                    {
                        allShapes.Add(new List<IShape>());
                    }
                    var nowShapes = allShapes[zOrderPosition];
                    nowShapes.Add(shape);
                }
            }
            int nowZOrder = 0;
            for (int j = 0; j < allShapes.Count; j++)
            {
                var nowShapes = allShapes[j];
                foreach (var shape in nowShapes)
                {
                    while (shape.ZOrderPosition < nowZOrder)
                    {
                        shape.ZOrder(ZOrderType.BringForward);
                    }
                    while (shape.ZOrderPosition > nowZOrder)
                    {
                        shape.ZOrder(ZOrderType.SendBackward);
                    }
                    nowZOrder++;
                }
            }
        }
    }
}