下矢印キーによるスクロール時のみ、アクティブセルが完全に表示されているかを確認し、完全に表示されていない場合だけ、scrollTop += 1 で 1px 補正する方法が考えられます。
これによりアクティブセルが表示された状態にすることができ、正しく編集を開始することが可能です。

<script>
    document.addEventListener("DOMContentLoaded", () = {
        const spread = document.getElementById("FpSpread1");
        var scrollVp = document.getElementById(spread.id + "_view");
        scrollVp.addEventListener("scroll", ScrollVp_Scrolled);

        // 「ArrowDown」キーの押下を追跡
        spread.addEventListener("keydown", (e) = {
            if (e.key === 'ArrowDown') {
                isNextCellKeyDown = true;
            }
        }, true)
        // キー押下の追跡をリセット
        spread.addEventListener("wheel", (e) = {
            isNextCellKeyDown = false;
        }, true)
    });

    var isNextCellKeyDown = false;
    var ScrollVp_Scrolled = (e) = {
        // ナビゲーションキーによるスクロール時のみ実行
        if (!isNextCellKeyDown) {
            return;
        }
        var spread = document.getElementById("FpSpread1");
        var nextCell = spread.Cells(spread.ActiveRow, spread.ActiveCol);
        if (nextCell && IsCellHidden(nextCell, true)) {
            var scrollVp = document.getElementById(spread.id + "_view");
            scrollVp.scrollTop += 1;
        }
        isNextCellKeyDown = false;
    }

    ///セルがビューから隠れているかどうかを確認します。
    ///セルの一部が隠れているか、全体が隠れているかを確認することを示します。
    var IsCellHidden = function (cell, partial, viewport) {
        if (cell == null) return true;
        var vp = viewport;
        var spread = document.getElementById("FpSpread1");
        var spreadView = spread.getSpreadView();
        if (vp == null) vp = (spreadView.Parent == null) ? spreadView._GetViewportFromCell(cell) : spreadView.GetTopSpreadView().Viewport;
        if (vp == null) return true;
        return IsElementHidden(cell, vp.parentNode, partial);
    }
    ///要素がビューから隠れているかどうかを確認します。
    ///セルの一部が隠れているか、全体が隠れているかを確認することを示します。
    var IsElementHidden = function (element, view, partial) {
        var r1 = element.getBoundingClientRect();
        var offset = view.getBoundingClientRect();
        var r2 = { top: offset.top, left: offset.left, bottom: offset.top + view.clientHeight, right: offset.left + view.clientWidth };

        var isHidden = function (r1, r2, partial) {
            return (partial) ?
                   (r1.top  r2.bottom || r1.right  r2.right) :
                   (r1.bottom <=><=>= r2.bottom || r1.left = r2.right);
        }
        return isHidden(r1, r2, partial);
    }
</script>