エンコードがShift_JISのリソースファイル(.resx)を含むプロジェクトに対して移行ツールを実行すると、当該ファイルのエンコードがUTF-8に変更されます。
その結果、リソースファイル内の日本語(OutputFormatの設定など)が文字化けします。